DNA fingerprinting and genotyping of four black
seed (Nigella sativa L) taxa البصمة الوراثية وفحص المورثات لأربع وحدات تصنيفية من الحبة السوداء Nigella sativa L
Auteur(s):
AlHuqail Asma Al Saad Faisal A
Date de publication:
2010
Référence bibliographique:
DNA fingerprinting and genotyping of four black
seed (Nigella sativa L) taxa البصمة الوراثية وفحص المورثات لأربع وحدات تصنيفية من الحبة السوداء Nigella sativa L Asma AlHuqail Faisal AlSaadمجلة جامعة الملك عبد العزيز علوم الأرصاد والبيئة وزراعة المناطق الجافة JKAU met env & arid land agric sci كلية الأرصاد والبيئة وزراعة المناطق الجافة، جامعة الملك سعودVol 21 no 1 (1431 H 2010) p p 93108AlHuqail AsmaAl Saad Faisal A
Résumé:
أجريت هذه الدراسة حيث تمت مقارنة بصمة الدنا (DNA) في بذور وبادرات أربعة وحدات تصنيفية مختلفة من الحبة السوداء Nigella sativa L من كل من القصيم (المملكة العربية السعودية)، وأثيوبيا، ومصر، وسوريا ولقد بينت نتائج هذا البحث أن هناك فروقا وراثية بين هذه الوحدات التصنيفية من الحبة السوداء، ربما ترقى إلى تصنيفها بأصناف varieties ولقد استخدم في هذا البحث طريقة الـ Inter Simple Sequence Repeat (ISSR) لتحديد البصمة الوراثية للوحدات التصنيفية من الحبة السوداء للكشف عن التغيرات في محيط الميكروستلايت Microsatellites الثنائية، والثلاثية، والرباعية الموجودة في الدنا الجينومي، باستخدام 17 من البادئات المناسبة ولقد بينت نتائج بصمة الـدنا وجود اختلافات في نمط الحزم في كل من العدد والأطوال لجميع الوحدات التصنيفية، فقد ظهر أكبر عدد لحزم بصمة الـدنا في الوحدة التصنيفية من القصيم والتى تمثل 108حزمة، يليها الوحدة التصنيفية من أثيوبيا حيث بلغ عدد حزم بصمة الـدنا 106 حزمة، بينما ظهرت في الوحدة التصنيفية من سوريا 100 حزمة، وقد ظهر أقل عدد لحزم بصمة الـدنا في الوحدة التصنيفية من مصر بـ 81 حزمة فقط وقد وجد أن نسبة الاختلاف بين الوحدات التصنيفية للحبة السوداء تتراوح بين 215363 % وبمقارنة بعض المورثات في الوحدات التصنيفية الأربعة للحبة السوداء، تم اختيار 24 مورثا ممثلة لـ 24 إنزيما متنوعا، ومسحت باستخدام تقنية الـPCR وبادئات الـ SSR المناسبة ودلت النتائج على وجود اختلافات وتغيرات في التراكيب الوراثية لبعض هذه المورثات، متمثلة في اختفاء بعض الحزم في نواتج الـ PCR، حيث أن مواقع ارتباط البادئات في هذه المورثات قد تغيرت DNA fingerprints of four Taxa of black seeds (Nigella sativa L) from Qassim (Saudi Arabia) Ethiopia Egypt and Syria were studied The results showed that there are several genetic differences between these different black seeds Taxa which could be considered as genotypic characteristics and lead to classifying them as varieties under the sativa species To study the DNA fingerprinting of these Taxa the Inter Simple Sequence Repeat (ISSR) method was employed in the PCR technique to determine the levels of polymorphism between their genetic makeups The ISSRPCR investigated the inter microsatellites sequences in their three types (Di Tri and Tetra) of the Short Tandem Repeats Seventeen proper primers representing these three primers' types were used The obtained banding pattern indicated a high level of polymorphism The scored bands of the DNA fingerprints in these Taxa were 108 106 100 and 81 in Qassim Ethiopia Syria and Egypt respectively When the percentages of dissimilarity between them were computed the range was between 215363 % Such a relatively high level of polymorphism substantiated the objectives of the present study which supposed that black seeds grown in the different localities in the world over time have undergone genetic changes to the level that could make them different varieties Twenty four genes representing 24 different enzymes and isozymes were selected and scanned via PCR technique using suitable SSR primers The obtained results showed some changes in the genetic structure of some of these genes The differences in the DNA fingerprints and the number of comparable genes should be reflected on the gene expression manifested in the protein homology and hence on the metabolism
